用哪种溶剂溶解合成肽一直是困扰多肽工作者的一个难题。根据不同的氨基酸序列，可以参考以下方法来溶解合成肽。*好是先将少量肽用水溶液溶解，不要一次将全部样品都溶解掉。
1. 将酸性氨基酸Asp (D)，Glu (E)和C端-COOH的值定为-1。
2. 将碱性氨基酸Arg (R)，Lys (K)，His (H)的值定为+1。
3. 计算肽中全部电荷量。
4. 如果肽的全部电荷为正值，则肽呈碱性，可以先用水溶解。如果肽不溶于水，可以用10%乙酸或者更高浓度的乙酸溶解。如果肽一点都不溶，加入TFA(<50ml)助溶，并用去离子水稀释至1ml。
5. 如果肽的全部电荷为负值，则肽呈酸性，可以先用水溶解。如果肽不溶于水，加入NH₄OH(<50ml) 助溶，并用去离子水稀释至1ml。
6. 如果肽的全部电荷为0，则肽呈中性。中性肽需要用乙腈、甲醇、异丙醇等有机溶剂来溶解，也可以加入变性剂（如尿素、盐酸胍等）。

实例： KRLMKSIEVIMPL: (+4) + (-2) = +2。此条肽呈碱性。见以上步骤4。

LVKMKSIEDPDCE: (+3) + (-5) = -2。此条肽呈酸性。见以上步骤5。

MVSRKDLVEHRDM: (+4) + (-4) = 0。此条肽呈中性。见以上步骤6。